Przyjął również obywatelstwo austriackie.
Rok później jako żołnierz korpusu ekspedycyjnego dołączył do wyprawy wojskowej cesarza Maksymiliana I do Meksyku, gdzie awansował do stopnia kapitana. Jego początkowe zainteresowanie Meksykiem koncentrowało się na architekturze kolonialnej. Po śmierci Maksymiliana w 1867 roku postanowił pozostać w kraju, po którym podróżował przez kolejnych jedenaście lat. W tym czasie zaczął fotografować majańskie ruiny, doskonaląc swoje umiejętności fotograficzne i rozwijając zainteresowanie prekolumbijską przeszłością Meksyku. Później uzyskał obywatelstwo meksykańskie i zmienił imię na hiszpańsko brzmiące „Teoberto”.
Wiosną 1878 roku był zmuszony wrócić do Europy, aby uregulować kwestie prawne związane ze spadkiem po ojcu. Zamieszkał wówczas w Paryżu, gdzie wygłaszał wykłady na temat prekolumbijskiego Meksyku oraz uzupełniał wiedzę o Mezoameryce w bibliotekach. Gdy w 1884 roku sprawa spadkowa została ostatecznie zakończona i Maler odziedziczył majątek, powrócił do Meksyku, aby poświęcić się badaniom cywilizacji Majów.