2 grudnia 1993 ponownie objął funkcję zastępcy dowódcy w 36 splt, na którym pełnił służbę do 4 lutego 1999. 5 lutego 1999 w wieku 40 lat został dowódcą 36 specjalnego pułku lotnictwa transportowego, którym był do 25 lutego 2003 przekazując dowodzenie dla płk. dypl. pil. Tomasza Pietrzaka. 28 lutego 2003 w Pałacu Prezydenckim Prezydent Rzeczypospolitej Polskiej Aleksander Kwaśniewski wręczył Krzyż Oficerski Orderu Odrodzenia Polski płk. dypl. pil. Krzysztofowi Matuszczykowi za wybitne zasługi dla rozwoju lotnictwa oraz osiągnięcia w pracy szkoleniowo - wychowawczej, jednocześnie w wieku 44 lat przeszedł do rezerwy.
Jest pilotem wojskowym klasy mistrzowskiej z 25-letnim doświadczeniem z nalotem ponad 5000 godzin. Latał na samolotach: Zlín Z-42, TS-11 Iskra, Lim-2, An-2, Jak-40, Tu-154M.
Kariera w cywilu Po zakończeniu służby wojskowej Krzysztof Matuszczyk podjął pracę w Przedsiębiorstwie Państwowym „Porty Lotnicze” w Agencji Ruchu Lotniczego, a następnie w Porcie Lotniczym Okęcie na stanowisku szefa służby obsługi terminala. Od 2012 Krzysztof Matuszczyk pracował w Porcie Lotniczym Lublin na stanowisku dyrektora pionu operacyjno-technicznego, gdzie odpowiadał m.in.