Badania Schwarza w Belmonte i okolicach doprowadziły do wydania w 1925 jego książki Os cristãos novos em Portugal no século XX (pol. Nowi chrześcijanie w Portugalii w XX wieku), prawdopodobnie pierwszej publikacji o społeczności marranów w północnej Portugalii, która zwróciła na nią uwagę całego świata. Książka została wznowiona w języku portugalskim, ukazała się też w przekładzie hebrajskim i francuskim. Uznając swoje badania nad marranami za ważne dla całej społeczności żydowskiej, Schwarz opublikował również różne artykuły na ten temat w brytyjskich, hiszpańskich, francuskich, polskich i włoskich czasopismach oraz gazetach. Książka została dobrze przyjęta przez Żydów na całym świecie, a także przez krypto-Żydów w północnej Portugalii, co doprowadziło do renesansu portugalskiego żydostwa.
Synagoga w Tomar i II wojna światowa 5 maja 1923 Schwarz zakupił niewielki budynek w Tomar, który portugalscy archeolodzy zidentyfikowali w 1920 jako synagogę w Tomar, pochodzącą z okresu przed wypędzeniem Żydów z Portugalii przez króla Manuela I Szczęśliwego w 1496. Samuel przeprowadził wykopaliska archeologiczne i prace restauracyjne synagogi, proponując przekształcenie budynku w Muzeum Portugalsko-Żydowskie w Tomar (port. Museu Luso-Hebraico de Tomar).