mały|lewo|Plansza z roślinami z Theatrum Botanicum (1640) Theatrum Botanicum ukazało się w 1640 roku, gdy Parkinson miał około 73 lat. Księga liczyła 1688 stron, opisywała ponad 3800 roślin i była wówczas jednym z najpełniejszych angielskich zielników. Według relacji King’s College London była to pierwsza praca opisująca 33 rodzime rośliny, z których 13 rosło w okolicach domu Parkinsona w Middlesex. Parkinson zamierzał, by książka była praktycznym przewodnikiem dla aptekarzy, i zachowała ona takie znaczenie przez ponad stulecie po jego śmierci. Dzieło przedstawił Karolowi I, który nadał mu tytuł , choć bez stałej pensji.
Do ważnych późniejszych wydań i opracowań związanych z jego twórczością należał reprint Paradisi in Sole z 1904 roku wydany przez oraz opracowanie Gerard's Herball Marcusa Woodwarda. Twórczości Parkinsona poświęcono też biografię popularnonaukową Nature's Alchemist: John Parkinson – Herbalist to Charles I Anny Parkinson.
Upamiętnienie Parkinson został upamiętniony w nazwie rodzaju roślin Parkinsonia.