Podróż prowadzi przez Podziemie, Otchłań oraz inne wymiarowe płaszczyzny, w tym krainy Moandera – gigantycznego, unoszącego się w przestrzeni kosmicznej ciała bóstwa, którego wnętrze stanowi serię niepołączonych ze sobą lochów. Ostatecznym celem jest pokonanie Bane’a i przywrócenie porządku w regionie. Gra pozwala na importowanie postaci z poprzednich części serii, co umożliwia kontynuację przygody z tymi samymi bohaterami.
Rozgrywka Pools of Darkness kontynuuje tradycję serii Gold Box, oferując turowe walki taktyczne na siatce heksagonalnej, głęboki system tworzenia postaci oraz eksplorację otwartego świata. Gracz może stworzyć drużynę składającą się z maksymalnie sześciu postaci, a także importować bohaterów z Secret of the Silver Blades. Dostępne klasy to m.in. wojownik, łotrzyk, kleryk, mag, paladyn, rangers, a także dual-class, np. wojownik/łotrzyk, co otwiera nowe możliwości taktyczne. Postacie mogą osiągać poziomy do 40, a ich atrybuty, takie jak siła, zręczność czy inteligencja, wpływają na skuteczność w walce i interakcje z postaciami niezależnymi.