II wojna światowa 1 listopada 1939 roku został mianowany „komendantem policji” () przy szefie dystryktu warszawskiego. Stanowisko to nie miało odpowiednika w strukturze organizacyjnej SS, a Moder w praktyce pełnił funkcję analogiczną do Dowódcy SS i Policji, odpowiadając bezpośrednio przed Wyższym Dowódcą SS i Policji w Generalnym Gubernatorstwie (HSSPF „Ost”), SS-Obergruppenführerem Friedrichem Wilhelmem Krügerem.

Był współodpowiedzialny za represje wobec ludności cywilnej w dystrykcie warszawskim, zwalczanie polskiego ruchu oporu oraz eksterminację polskiej inteligencji w ramach akcji AB, w tym za masowe egzekucje w Palmirach pod Warszawą. Gdy na niemieckich obwieszczeniach pojawiało się w podpisie jego nazwisko, członkowie Organizacji Małego Sabotażu „Wawer” przerabiali je na Mörder („morderca”).

Moder był również współodpowiedzialny za prześladowania Żydów i utworzenie getta warszawskiego. Istnieją przesłanki, że mógł się osobiście wzbogacić podczas służby w dystrykcie warszawskim, prawdopodobnie poprzez udział w grabieży mienia przy konfiskatach dokonywanych przez podległe mu służby.