Podział na koszyki Uwaga: Losowanie II rundy kwalifikacyjnej odbyło się przed zakończeniem I rundy kwalifikacyjnej, więc rozstawienia dokonano przyjmując założenie, że awans uzyska drużyna z najwyższym współczynnikiem w poprzedniej rundzie. W przypadku awansu, którejś z drużyn nierozstawionej, w II rundzie przejmuje ona współczynnik najwyżej rozstawionego rywala.
Oznaczenia Drużyny, które awansowały z I rundy eliminacyjnej zachowując swój współczynnik. Drużyny, które zaczęły rywalizację od II rundy eliminacyjnej. Drużyny, które awansowały z I rundy eliminacyjnej, przejmując współczynnik rywala.
Ścieżka mistrzowska
Grupa 1 Drużyny rozstawione Drużyna Wsp. FK Crvena zvezda46.500 Lech Poznań27.250 Shamrock Rovers19.375 KuPS14.000 FK Kauno Žalgiris13.625 Lincoln Red Imps13.500 Drużyny nierozstawione Drużyna Wsp. Ararat-Armenia10.500 KÍ Klaksvík10.500 Larne9.000 Sabah Baku10.000 Aarhus GF8.421 Mjällby AIF5.925
Grupa 2 Drużyny rozstawione Drużyna Wsp. Dinamo Zagrzeb46.500 Slovan Bratysława36.000 NK Celje23.000 Omonia Nikozja21.250 Hapoel Beer Szewa14.000 Lewski Sofia13.125 Drużyny nierozstawione Drużyna Wsp. Víkingur Reykjavík11.750 Kajrat Ałmaty11.000 CS Universitatea Craiova10.500 Iberia 199910.000 Egnatia Rrogozhinë9.000 FC Thun6.940