Profesura w Würzburgu i ostatnie lata mały|Gmach uniwersytetu w Würzburgu na dawnej rycinie Wydział medyczny trzykrotnie wybierał go na dziekana: w 1596, 1599 i 1602. Jako promotor nadał 29 lipca 1596 pierwsze w dziejach würzburskiej uczelni doktoraty z medycyny – Christophowi Upiliowi i Henningowi Scheunemannowi. W latach 1596–1603 był też matematykiem kapituły katedralnej i odpowiadał za układanie dorocznych kalendarzy i prognostyków. W 1604 zastąpił go w tym Upilio. W dedykacjach dla księcia-biskupa z góry odpierał krytykę „nieuczonego pospólstwa”:
Z biegiem lat pogłębiała się jego religijność. W prognostyku na 1602 pisał, że tego, co ludzie muszą znosić, nie sprawiają ani gwiazdy, ani żywioły, ani królowie, ani starzenie się świata, lecz własne, tak ciężkie i tak liczne grzechy. W swoich kalendarzach posługiwał się honorowym tytułem rycerskim . W tym czasie stracił żonę. Małżeństwo pozostało bezdzietne, van Roomen miał natomiast dwóch synów pozamałżeńskich, Jakuba, który towarzyszył mu w podróżach, i Konrada. Wkrótce potem książę-biskup przyznał mu kanonię w würzburskiej kolegiacie św. Jana Ewangelisty, zwanej Neumünster. Jesienią 1600 spotkał w Pradze kilku uczonych, wśród nich Johannesa Keplera. Pisany w Pradze list do Keplera dotyczył równań opisujących boki wielokątów foremnych.