W efekcie owocnik borneański jest mniejszy od drugiego gatunku owocnika, a także większości swych krewnych, jak wspominany już kulecznik górski, nie mówiąc już o znacznie większych dajakolotach ważących do 91 g, a nawet 148 g u dajakolota filipińskiego. Różnica dzieląca go z owocnikiem karłowatym jest jednak niewielka, przez co osobniki obu gatunków trudno odróżnić.
W opisie owocnika borneańskiego autorzy zwracają uwagę na umiarkowanie wydłużony, prawie nagi pysk pokryty czarniawą skórą. Widnieją na nim krótkie, tubularne nozdrza rozchodzące się na boki. Poniżej nich znajduje się rynienka podnosowa podzielona na 2 równoległe bruzdy. Dolna warga nosi natomiast trójkątne zgrubienia.
Zwierzę posiada oczy umiarkowanej wielkości o oliwkowobrązowych, ciemnych do czarnobrązowych tęczówkach.
Krótkie uszy o czarnych małżowinach są zaokrąglone. Bardziej blada jest tylko część przyśrodkowa ich brzegu. Podobnie jest u owocnika karłowatego.
Głowę porasta krótkie i miękkie futro barwy czarniawego brązu lub brunatne. Przechodzi ono na kark zwierzęcia.