Odchodzą od boku ciała, przyczepiając się pomiędzy pierwszym a drugim palcem, podobne występują u owocnika borneańskiego.
Systematyka thumb|left|Rodzaj owocnik liczy 2 gatunki, prócz owocnika karłowatego zalicza się doń widoczny wyżej owocnik borneański Nowy gatunek ssaka opisany został przez Oldfielda Thomasa w 1923. Autor nadał mu nazwę Aethalodes alecto. Jako miejsce typowe podał „Indrapura Peak, Sumatra” w Indonezji, na wysokości 7300 stóp, co oznacza 2225 m nad poziomem morza.
Owocnik karłowaty jest jednym z 2 gatunków rodzaju Aethalops, noszącego polską nazwę owocnik. Drugim jest owocnik borneański, uważany niegdyś za jeden z jego podgatunków. Nie ma wśród autorów pełnej zgody co do odrębności tych dwóch gatunków i niektórzy uznają owocnika borneańskiego za podgatunek owocnika karłowatego. Pojawiają się też opinie, że skoro owocnik borneański uznany został za odrębny gatunek, to i pozostały jeszcze w obrębie owocnika karłowatego podgatunek Aethalops alecto ocypete również należy uznać za osobny gatunek. Byłyby więc 3 gatunki owocnika (A. a. ocypete nie posiada polskiej nazwy, ponadto Polskie nazewnictwo ssaków świata wyróżnia jeszcze jeden podgatunek owocnika karłowatego).