Przemieszcza się zwykle samotnie.
Ciężarne samice obserwowano od lutego do czerwca na Półwyspie Malajskim.
Rozmieszczenie geograficzne Zwierzę zamieszkuje Indonezję (Sumatra, Bali, Jawa i Lombok) i Malezję (Półwysep Malajski). Podgatunek nominatywny owocnika karłowatego zasiedla zachodnią Sumatrę i zachodni Półwysep Malajski, w obrębie którego owocnik karłowaty zamieszkuje pasmo od wzgórz Cameron Highlands przez Lojing do Chamah Highlands. Podgatunek A. a. boeadii zamieszkuje wyspy Bali i Lombok. Podgatunek A. a. ocypete zasiedla Jawę. Dawniejsze doniesienia z Borneo okazały się należeć do innego gatunku, owocnika borneańskiego.
Dolna granica zasięgu występowania leży na wysokości 1000 m nad poziomem morza, górna zaś to 2700 m.
Populacja jest pofragmentowana, a zdolność gatunku do przemieszczania się pomiędzy nimi ograniczona. Wykryto pewien przepływ genów pomiędzy populacjami z Bali, Lombok i Jawy, nie potwierdzono jednak przemieszczania się osobników pomiędzy wyspami. Przemieszczanie się ograniczają warunki geograficzne.
Ekologia Siedliskiem owocnika karłowatego są tropikalne wilgotne lasy górskie i podgórskie, aczkolwiek zasiedla on także lasy zrzucające liście na Lombok.