Po 1993 roku eparchia funkcjonowała de facto niezależnie.
Dominującym wyznaniem chrześcijańskim w Abchazji jest prawosławie; w regionie działają także wspólnoty ewangelikalne, katolickie, luterańskie i świadków Jehowy. W 1995 roku prezydent Władisław Ardzinba wydał dekret zakazujący działalności tej ostatniej wspólnoty, który nie był jednak egzekwowany. W tym czasie abchaska społeczność świadków Jehowy liczyła około 1,5 tys. wyznawców i nie zgłaszała przypadków utrudniania swojej działalności.
Według raportu Departamentu Stanu Stanów Zjednoczonych z 2005 roku ocena sytuacji abchaskich chrześcijan była utrudniona z uwagi na ograniczony dostęp do wiarygodnych informacji, wynikający z braku kontroli władz Gruzji nad regionem.
Kontrowersje w strukturach prawosławnych Wśród abchaskiego duchowieństwa prawosławnego dochodziło do sporów dotyczących organizacji struktur kościelnych i zwierzchnictwa nad nimi. Część hieromnichów (w tym Andriej i Dorofiej) kwestionowała pozycję księdza Wissariona Apliai, zarzucając mu nieprzestrzeganie porozumienia zawartego w Majkopie w 2005 roku, które przewidywało wspólne kierowanie eparchią przez dwóch duchownych.