27 września tego samego roku po odwołaniu złożonym w Krajowej Izbie Odwoławczej, unieważniono wybór oferty i wybrano ofertę konsorcjum spółek Infra Centrum Doradztwa, Mosty Gdańsk i Biuro Projektów Komunikacyjnych w Poznaniu.
11 marca 2025 została wydana prawomocna i ostateczna decyzja środowiskowa dotycząca budowy PKM Południe do węzła Kowale. Całkowity koszt inwestycji oszacowano wówczas szacowany na 2,3 mld zł. 26 marca tego samego roku zarząd PKM zatwierdził ostateczne nazwy przystanków na PKM Południe.
Budowa mały|Wiadukt Weisera – jeden z najbardziej znanych zachowanych wiaduktów dawnej kolei, zburzony 5 czerwca 2013 w związku z budową PKM mały|Wiadukt powstający w miejscu Mostku Weisera (stan na listopad 2013) Projekt budowlany i projekt wykonawcy został opracowany przez gdańskie przedsiębiorstwo Transprojekt Gdański.
W pierwszym etapie realizacji inwestycji wyburzone zostały 22 budynki mieszkalne oraz 40 gospodarczych, położone na planowanej trasie Pomorskiej Kolei Metropolitalnej w Gdańsku Matarni, Firodze i w Rębiechowie. Wyciętych zostało także ok. 20 tys. drzew rosnących w pasie kolejowym PKM.