Po ich stłumieniu część przywódców miejscowej społeczności protestanckiej została stracona.
Po wydaniu w 1624 roku przez cesarza Ferdynanda II generalnego patentu reformacyjnego protestanci zostali zobowiązani do przyjęcia katolicyzmu albo opuszczenia dziedzicznych krajów Habsburgów. Część mieszkańców Gosau zachowała jednak wyznanie ewangelickie, praktykując je potajemnie w ramach kryptoprotestantyzmu.
Nabożeństwa i spotkania religijne organizowano w domach, oddalonych gospodarstwach oraz alpejskich szałasach. W XVIII wieku część protestantów z Salzkammergut została objęta przymusowymi przesiedleniami do Siedmiogrodu.
Powstanie gminy tolerancyjnej W 1781 roku cesarz Józef II wydał patent tolerancyjny, umożliwiający protestantom tworzenie legalnych wspólnot wyznaniowych po spełnieniu określonych warunków. W Gosau dokument ogłoszono publicznie 26 grudnia 1781 roku. W kolejnych tygodniach przynależność do wyznania ewangelickiego zadeklarowało 1053 mieszkańców.
Początkowo protestanci z Gosau należeli do pastoratu w Bad Goisern, gdzie wspólnota tolerancyjna powstała w 1782 roku. Zgodę na utworzenie samodzielnej gminy tolerancyjnej w Gosau wydano w 1784 roku.