Jej zadaniem jest rozwój zawodników oraz tworzenie zaplecza dla juniorskich i seniorskich struktur klubu, poprzez spójną ścieżkę szkolenia prowadzącą od sekcji flagowej i Mets Minis, przez sekcję juniorską, aż po drużynę seniorską.
Futbol amerykański – juniorzy Sekcja juniorska skupia zawodników w wieku 14–19 lat i stanowi jeden z głównych elementów systemu szkolenia Warsaw Mets. Juniorzy rywalizują w rozgrywkach Polskiej Futbol Ligi Junior (PFLJ, dawniej PFL U19).
W latach 2023–2025 zespół, jako jedyny w historii Polskiej Futbol Ligi, trzykrotnie z rzędu wystąpił w finale mistrzostw Polski juniorów, zdobywając wicemistrzostwo w 2023 roku oraz mistrzostwo kraju w latach 2024 i 2025. W sezonie 2025 sekcja przeszła fazę zasadniczą bez porażki i obroniła tytuł mistrzowski.
Głównym sponsorem Akademii Warsaw Mets, w ramach której funkcjonuje sekcja, została w 2025 roku PGE Polska Grupa Energetyczna w ramach programu PGE Junior.
Elementem rywalizacji juniorskiej są juniorskie derby Warszawy z Warsaw Eagles;