Według Stachury nowela stanowi literacką polemikę z uproszczonym przenoszeniem praw przyrody na społeczeństwo. Prus wykorzystuje analogię między światem organizmów a ludzką cywilizacją, jednocześnie podważając materialistyczne interpretacje pozytywizmu oraz społeczne zastosowanie darwinowskiej „walki o byt”. Gloger zwraca uwagę, że utwór łączy scjentystyczny opis świata podporządkowanego prawom przyrody z metafizycznym zakończeniem, podważającym możliwość pełnego poznania rzeczywistości wyłącznie za pomocą nauki. Z kolei Agnieszka Paja interpretuje nowelę jako wyraz kryzysu wiary w nieograniczone możliwości nauki oraz jeden z pierwszych przejawów odchodzenia Prusa od jednoznacznie scjentystycznego światopoglądu.
Tajemniczy botanik jest zwykle interpretowany przez badaczy jako szatan, ukrywający się pod maską uczonego i przedstawiający pesymistyczną wizję świata i znaczenia ludzkości. Paja rozwija tę interpretację, widząc w nim specyficznie Lucyfera – „niosącego światło”, który prowadzi bohatera do bolesnego poznania prawdy o ludzkiej kondycji. Badaczka odczytuje ponadto utwór w kontekście biblijnego mitu o wygnaniu z Edenu, interpretując wizję przedstawioną w noweli jako obraz człowieka, który po zdobyciu wiedzy utracił pierwotną harmonię i został skazany na cierpienie.