W trakcie II wojny światowej pracownicy przedsiębiorstwa wypełniali dodatkowe obowiązki. Zajmowali się m.in. odgruzowywaniem, usuwaniem niewypałów oraz transportem rannych i poległych. W zakładach powstał ośrodek pracy konspiracyjnej, gdzie ukryto ponad 100 tys. litrów benzyny, wykorzystanej w okresie Powstania Warszawskiego. Jednym z samochodów ZOM-u zdołano w tajemnicy wywieźć ze stolicy obraz „Bitwę pod Grunwaldem” autorstwa Jana Matejki.
W 1951 roku zakład, będąc nadal jedyną w Warszawie spółką świadczącą kompleksowe usługi związane z utrzymaniem czystości i zagospodarowaniem odpadów, zmienił nazwę na Miejskie Przedsiębiorstwo Oczyszczania. W latach 70. XX wieku powstał Program Poprawy Usług i Rozwoju Miejskiego Przedsiębiorstwa Oczyszczania, w ramach którego utworzono pięć specjalistycznych Dzielnicowych Zakładów Oczyszczania: w Śródmieściu, na Mokotowie, Woli, Pradze Północ i Pradze Południe. Każdy z nich był odpowiedzialny za czystość obsługiwanego rejonu. W następnej dekadzie powołano dwa kolejne zakłady: na Żoliborzu i Ochocie. Wszystkie oddziały zapewniały obsługę porządkową miasta, zarówno w zakresie zagospodarowania odpadów komunalnych, jak i całorocznego oczyszczania ulic, placów i chodników.