Po pobycie w więzieniu ponownie stanął przed urzędnikiem, a po kolejnej odmowie został uznany za winnego świętokradztwa i skazany na śmierć przez utopienie.
Skazańcowi przywiązano do rąk i nóg ciężary, po czym wywieziono go łodzią na wody Zatoki Triesteńskiej i wrzucono do morza. Miejscowa tradycja lokalizuje miejsce egzekucji w pobliżu przylądka Sant’Andrea, na południe od starożytnego miasta. Passio podaje, że ciało męczennika zostało później odnalezione na brzegu przez kapłana Sebastiana, który miał zostać we śnie poinformowany o miejscu jego położenia. Szczątki pochowano w pobliżu miejsca znalezienia.
Rok śmierci Justa nie jest ustalony jednoznacznie. W tradycji kościelnej często podawany jest 303 rok, odpowiadający okresowi prześladowań za Dioklecjana i Maksymiana. Część badaczy, na podstawie chronologii zachowanej w jednym z rękopisów, wskazuje na 293 rok. Za pewniejszą informację uznaje się dzień męczeństwa – 2 listopada.