W następnych stuleciach władze miejskie korzystały z Palazzo del Magistrato oraz przylegającej do niego loggii z wieżą zegarową. Po zasypaniu portowej zatoki Mandracchio w latach 1858–1863 rozpoczęto przebudowę głównego placu. Rozważano zarówno podział przestrzeni budynkiem ratusza, jak i utworzenie jednolitego placu otwartego ku morzu. Ostatecznie przyjęto drugi wariant, lokalizując nową siedzibę władz na osi placu.
W 1869 roku podestà Massimiliano Angeli i rada miejska zdecydowali o budowie ratusza w miejscu zajmowanym przez siedem wcześniejszych budynków, w tym Palazzo del Magistrato, loggię oraz domy prywatne. Gmina wykupiła nieruchomości i rozpoczęła odnawianie dawnego pałacu magistratu, lecz prace przerwano, a część starszej konstrukcji włączono do skrzydła nowego gmachu.
Po przeprowadzeniu dwóch konkursów wybrano projekt Bruniego oznaczony godłem Tergeste. Budowę rozpoczęto w 1873 roku, a ratusz oddano do użytku w 1875 roku. W tym samym roku ponad miejscem przeznaczonym dla podesty zawieszono obraz Cesarego Dell’Acqui przedstawiający alegorię handlowej pomyślności Triestu.