Zróżnicowanie taksonomiczne Glony powodujące szkodliwe zakwity należą do różnych grup taksonomicznych. Ze względu na trudności w identyfikacji, a także zmiany w taksonomii, niektóre przypadki przyporządkowania gatunków przytaczane przez literaturę mogą być błędne lub przestarzałe. sinice Sinice są powszechne w wodach słodkich i słonawych (do których zaliczają się wody Morza Bałtyckiego). Z tego względu są zagrożeniem dla ujęć wody pitnej. W wodach pełnomorskich szkodliwe zakwity powodują głównie przedstawiciele rodzajów i Nodularia. W wodach słodkich głównie: Microcystis, , , i Woronichinia. Do toksyn sinicowych należą m.in. mikrocystyna, nodularyna, 3-metyloamino-L-alanina i saksytoksyny; bruzdnice W wodach oceanicznych najczęściej szkodliwe zakwity powodują bruzdnice, także bentosowe. Zakwit wywołany przez tę grupę glonów nazywa się . Różne gatunki bruzdnic są odpowiedzialne za masowe śnięcie ryb. Niektóre również mogą powodować pośrednie zatrucia u ludzi. Ciguatera jest powodowana przez , prawdopodobnie też przez przedstawicieli i . PSP najczęściej jest wywoływane przez i . DSP najczęściej jest wywoływane przez i Prorocentrum. NSP najczęściej jest wywoływane przez Karenia. SSP jest powodowane przez Alexandrium i Karenia.