Pod koniec XVIII wieku klasztor zmagał się z kryzysem finansowym. Zlikwidowano go w 1803 roku, w okresie sekularyzacji, zakonnikom pozwolono jednak pozostać w kompleksie do końca życia. Zbiory biblioteczne oraz liczne dzieła sztuki przeniesiono do Monachium. W kościele klasztornym zainstalowano wówczas organy z 1760 roku, przeniesione tu z rozebranego . W 1837 roku w klasztorze pozostały jedynie trzy zakonnice. Archidiecezja Monachium i Freising zabiegała wówczas o przejęcie kompleksu przez Zgromadzenie Sióstr Szkolnych, lecz z powodu oddalenia klasztoru od większych ośrodkach miejskich założenie tu uczelni okazało się niemożliwe.
W 1841 roku Ludwik I Wittelsbach zezwolił opactwu na przyjmowanie nowicjuszek, dzięki czemu Altomünster stał się pierwszym żeńskim klasztorem w Bawarii, który reaktywowano po okresie sekularyzacji. W 1842 roku pierwsze dziesięć kobiet złożyło śluby zakonne, a ich pieniądze umożliwiły odbudowę gospodarstwa klasztornego. W 1850 roku klasztor odkupił znacjonalizowane skrzydło klasztorne. W 1896 roku mieszkało tu 36 sióstr, a podczas II wojny światowej osiągnął on rekordową w swojej historii liczbę 59 sióstr. W II połowie XX wieku liczba zakonnic zaczęła maleć – w latach 80. mieszkało ich 15, a w 2002 – 6.