Rada aktywnie współpracuje z innymi tego typu organami w Polsce, organizacjami pozarządowymi oraz instytucjami publicznymi.
Struktura Parlamentarna Rada Młodzieżowa składa się z 17 komisji merytorycznych, kreujących dokumenty doradcze w obrębie legislacji oraz zespołów stałych, wspierających ich prace w obrębie pionów. Radę tworzą też ambasady odpowiedzialne za budowanie relacji zagranicznych z młodzieżowymi organami innych państw świata.
Radni wchodzący w skład komisji tworzą projekty dokumentów doradczych – w tym poprawek do ustaw, opinii legislacyjnych czy projektów ustaw oraz konsultują je z właściwymi zespołami stałymi – jednostkami organizacyjnymi Rady.
Prace komisji oraz zespołów stałych nadzorują koordynatorzy Rady powoływani przez Parlamentarny Zespół ds. Młodzieży. Do ich zadań należą także m.in. organizacja rekrutacji do Rady Młodzieżowej, kierowanie pionami zajmującymi się określonymi działami tematycznymi (np. komunikacją, rzecznictwem, prawem) czy pośrednictwo między Radą a Parlamentarnym Zespołem ds. Młodzieży. Prace Rady prowadzi Koordynator Główny Rady, odpowiedzialny za bieżące funkcjonowanie organizacji.