Niektórzy autorzy spekulują, że przyjęcie nominacji Balaguera, które oznaczało początek długiego okresu hiszpańskich rządów nad biskupstwem Malty, było jednym z ustępstw, jakie Filip IV uzyskał w zamian za przyjęcie przez papieża nominacji innego Francuza na następcę Paule’a na stanowisku wielkiego mistrza Zakonu. Sakrę biskupią przyjął 18 lutego 1635, a uroczysty ingres do katedry odbył 25 marca 1635.
Jego biskupstwo było nękane konfliktami ze świeckimi, inkwizytorami i Rycerzami Maltańskimi. Pobór Maltańczyków do wojska przez Zakon, pomimo jurysdykcji kościelnej, był szczególnym przedmiotem konfliktu. Balaguer miał również złe stosunki z nowym wielkim mistrzem, Francuzem Juanem de Lascaris-Castellar. W 1646 opozycja wobec biskupa, na czele z inkwizytorem Gori Pannellinim, złożyła skargę do papieża kwestionując jego rządy. Balaguer odpowiedział własną krytyką wielkiego mistrza i inkwizytorów wyspy, takich jak Antonio Pignatelli. Brak dyscypliny wśród maltańskiego duchowieństwa, które często łamało celibat lub kanoniczne zasady ubioru, był przedmiotem sporu między obiema stronami.