W pobliżu historycznego centrum Kopru znajduje się terminal pasażerski obsługujący statki wycieczkowe. Jego położenie umożliwia pasażerom bezpośrednie dojście do starego miasta. Koper jest również punktem wyjazdowym wycieczek do Piranu, Lublany, Postojnej, Triestu i innych miejscowości regionu.
Połączenia transportowe Transport kolejowy Port jest połączony z krajową i europejską siecią kolejową linią Divača–Koper, uruchomioną w 1967 roku. W Divačy linia łączy się z trasami prowadzącymi do Lublany, Austrii, Węgier, Włoch, Chorwacji i innych państw europejskich.
Znaczna część ładunków jest przewożona regularnymi pociągami towarowymi do terminali i centrów logistycznych w Europie Środkowej. W 2025 roku port obsłużył 20 886 pociągów i 270 516 wagonów kolejowych, a udział kolei w przewozach lądowych wyniósł 51%.
Istniejąca linia kolejowa jest jednotorowa i charakteryzuje się dużymi nachyleniami oraz licznymi łukami. W celu zwiększenia przepustowości połączenia rozpoczęto budowę drugiej linii Divača–Koper, prowadzonej w znacznej części w tunelach i na wiaduktach.
Transport drogowy Port jest połączony ze słoweńską siecią drogową przez drogi prowadzące do autostrady A1 i drogi ekspresowej H5.