Dyrektorowi podlegały bezpośrednio następujące komórki organizacyjne:
oddział planowania obejmujący sprawy planów melioracyjnych kwartalnych, oddział finansowo-księgowy obejmujący sprawy planów finansowych i budżetów, samodzielny referat wodno-prawny obejmujący sprawy wodno-administracyjne, samodzielny referat organizacji, zatrudnienia i płac obejmujący sprawy: planów zatrudnienia i funduszu płac, samodzielny referat kadr i szkolenia, obejmujący sprawy osobowe oraz ewidencji i sprawozdawczości osobowej pracowników WZWM і rejonowych kierownictw robót wodno-melioracyjnych (samodzielnych warsztatów remontowych), oddział administracyjno-gospodarczy.
Do zakresu działania głównego inżynier, który był zastępca dyrektora, należało kierownictwo pracami jednostek technicznych WZWM oraz nadzór techniczny nad podległymi rejonowymi kierownictwami robót wodno-melioracyjnych (samodzielnymi warsztatami remontowymi).
Głównemu inżynierowi podlegał bezpośrednio: