Największą przebudowę przeprowadzono w 1731 roku z inicjatywy Luigiego de Tarsii, zarządcy szpitala św. Nazariusza. W wyniku prac świątynia uzyskała obecny, barokowy charakter. Rok później Natale Bertolini wykonał obraz głównego ołtarza przedstawiający świętych Nazariusza i Bassusa adorujących Trójcę Świętą. Inskrypcja na obrazie wymienia zarówno fundatora, jak i malarza oraz wskazuje, że dzieło sfinansowano z zebranych ofiar.
W XVIII wieku do kościoła przeniesiono z kaplicy szpitalnej romański krucyfiks otaczany miejscowym kultem. Od tego czasu świątynię określano niekiedy również jako kościół Cudownego Krucyfiksu. Przytułek św. Nazariusza został zlikwidowany na początku XIX wieku, natomiast kościół zachował funkcję sakralną.
Architektura Kościół jest niewielką jednonawową budowlą o zwartej bryle i prostokątnym rzucie. Wnętrze nakrywa płaski strop, a prezbiterium nie jest wyraźnie oddzielone od nawy rozbudowanym transeptem. Obecny wygląd świątyni jest rezultatem przebudowy z 1731 roku i reprezentuje uproszczony wariant miejskiej architektury barokowej.