W 1955 roku wyjechał do Kabulu w celu przeprowadzenia badań nad rękopisami związanymi z twórczością Ansariego; prowadził kwerendy w miejscowych bibliotekach, wygłosił także wykład w języku perskim na Uniwersytecie Kabulskim. W 1962 roku ponownie odwiedził Kabul, gdzie uczestniczył w konferencji naukowej. Następnie został wykładowcą historii sufizmu na Uniwersytecie Kabulskim oraz nauczycielem filozofii i języka francuskiego w jednym z liceów. Zaangażowany był także w pomoc niepełnosprawnym dzieciom. 9 lutego 1971 roku obronił na Sorbonie rozprawę doktorską dotyczącą studiów nad islamem.
Niedługo po rozpoczęciu radzieckiej interwencji w Afganistanie prowadził dziennik Chronique d’un témoin privilégié, w którym opisywał sytuację w kraju oraz własne doświadczenia. W 1983 roku przy wsparciu opuścił Afganistan; do Paryża przybył 1 września tego samego roku. Utrzymywał kontakty ze swoimi byłymi podopiecznymi z Afganistanu, a część z nich z czasem zamieszkała we Francji.
W 1989 roku przeniósł się do klasztoru w Paryżu, gdzie mieszkał do końca życia. W 2002 roku ponownie odwiedził Afganistan.