Dolny odcinek doliny rozpoczyna się w pobliżu ujścia Lammer do Salzach. Powyżej Scheffau am Tennengebirge rzeka przepływa przez wąski przełom oddzielający podnóża Tennengebirge od południowych krańców Salzkammergut-Berge. W jego obrębie znajduje się Lammerklamm, nazywany także Lammeröfen. Za przełomem dolina rozszerza się, tworząc rozległą kotlinę zajmowaną przez Abtenau i okoliczne miejscowości.
W rejonie Abtenau system dolinny rozdziela się. Ku wschodowi odchodzi dolina potoku Rußbach, prowadząca przez Rußbach am Paß Gschütt i do doliny Gosau i regionu Salzkammergut. Główna część Lammertalu biegnie początkowo na południe przez Annaberg, a następnie na południowy wschód w kierunku Lungötz.
W górnym Lammertalu Lammer przyjmuje m.in. potoki Neubach i Karbach. Powyżej Lungötz dolina przechodzi przez obniżenie w rejonie Schoberbergu. Dalej, w granicach gminy St. Martin am Tennengebirge, znajduje się dział wodny między zlewnią Lammer a zlewnią St. Martinsbachu, który odprowadza wody ku Fritztalowi i Ennsowi.
Miejscowości Największą miejscowością środkowej części doliny jest Abtenau, położone w rozszerzeniu określanym jako Kotlina Abtenau (niem. Abtenauer Becken).