Reakcja Stolicy Apostolskiej 1 lipca 1988 roku Kongregacja ds. Biskupów ogłosiła dekret stwierdzający, że Lefebvre, de Castro Mayer i czterej konsekrowani duchowni zaciągnęli ekskomunikę latae sententiae..

2 lipca Jan Paweł II wydał list apostolski w formie motu proprio Ecclesia Dei. Papież określił konsekracje jako akt nieposłuszeństwa w sprawie mającej zasadnicze znaczenie dla jedności Kościoła. Stwierdził, że nieposłuszeństwo oznaczające w praktyce odrzucenie prymatu Biskupa Rzymu stanowiło akt schizmatycki.

W dokumencie przypomniano również, że formalne przystąpienie do schizmy pociąga za sobą ekskomunikę. Nie oznaczało to automatycznego uznania za ekskomunikowaną każdej osoby uczestniczącej w liturgii sprawowanej przez kapłanów Bractwa.

W nocie Papieskiej Rady ds. Tekstów Prawnych z 1996 roku wyjaśniono, że formalne przystąpienie wymaga zarówno wewnętrznej decyzji stawiającej przynależność do ruchu ponad posłuszeństwem papieżowi, jak i zewnętrznego zamanifestowania takiego wyboru. Sytuacja poszczególnych wiernych miała być oceniana indywidualnie.