Pierwsze konkretne postulaty likwidacji klasztorów przedstawiono w kwietniu 1949 roku podczas narady pracowników kościelnych komitetów wykonawczych Frontu Narodowego. 22 sierpnia 1949 roku Prezydium Komitetu Centralnego KPCz zatwierdziło ogólny plan skupienia zakonników w wybranych budynkach. Przygotowanie operacji powierzono Państwowemu Urzędowi do Spraw Kościelnych (cz. Státní úřad pro věci církevní, SÚC), a na Słowacji jego odpowiednikowi – Słowackiemu Urzędowi do Spraw Kościelnych (słow. Slovenský úrad pre veci cirkevné, SLOVÚC).
20 stycznia 1950 roku Prezydium KC KPCz zatwierdziło bardziej szczegółowy plan. Początkowo przewidywano stopniowe skupianie zakonników, ostatecznie jednak zdecydowano się na dwie przeprowadzone w krótkim odstępie fale. Miało to uniemożliwić zakonnikom ukrycie się, zabezpieczenie majątku lub zorganizowanie protestów społecznych.
Proces „Machalka i inni” Bezpośrednim przygotowaniem propagandowym do likwidacji zakonów był pokazowy proces dziesięciu znanych zakonników, określany nazwą „Machalka i inni” (cz. Machalka a spol.).