18 kwietnia państwowa agencja prasowa ogłosiła, że w klasztorach ukrywali się szpiedzy i przestępcy oraz że znajdowano w nich broń i materiały antypaństwowe. Władze twierdziły również, że opróżnione budynki zostaną przeznaczone głównie na cele socjalne, zdrowotne i mieszkaniowe. Późniejsze badania archiwalne nie potwierdziły propagandowych twierdzeń o odkryciu rozbudowanych składów broni lub siatek szpiegowskich. Jako obciążające materiały przedstawiano między innymi powielacze, listy pasterskie, druki religijne, broń pneumatyczną oraz rekwizyty teatralne.
Druga fala W Czechach i na Morawach druga fala operacji została przeprowadzona w nocy z 27 na 28 kwietnia. Objęła pozostałe męskie zakony i zgromadzenia, które nie zostały zlikwidowane podczas pierwszego uderzenia.
Na Słowacji Akcję K2 przeprowadzono w nocy z 3 na 4 maja. Uderzono w pozostałe domy zakonne, w tym placówki werbistów, a działania skoncentrowano między innymi w Nitrze. Według danych słowackiego ÚPN obie fale objęły łącznie 1180 zakonników z 15 zakonów mieszkających w 76 klasztorach.