Instytucja funkcjonowała w budynku przy ulicy Krowoderskiej do 2009 roku, kiedy to obiekt powrócił we władanie stowarzyszenia Związek Młodzieży Chrześcijańskiej „Polska YMCA”, a Centrum Młodzieży przeniosło swoją siedzibę do budynku przy ulicy Krupniczej 38. 14 czerwca 2019 roku gmach został wpisany do rejestru zabytków.
W czasie po przejęciu gmachu przez YMCA, obiekt znajdował się w złym stanie technicznym i wymagał pilnych prac remontowych. W szczególnie złym stanie znajdowały się elewacje i dach zabytkowego budynku. W związku z zagrożeniem, z jakim dla użytkowników wiązała się eksploatacja gmachu, Powiatowy Inspektor Nadzoru Budowlanego wydał nakaz przeprowadzenia remontu powierzchni dachu i elewacji w terminie do połowy 2026 roku. Prace remontowe rozpoczęły się pod koniec roku 2025. Dokonując napraw elewacji zastosowano technologię laserowego oczyszczania powierzchni. Wykonawcą inwestycji była spółka Antis Sp. z o.o. Remont zakończył się latem 2026 roku.