Nieznajomy musi zmierzyć się kolejno z dziewięcioma Strażnikami (Guardians), z których każdy reprezentuje odrębną osobowość i styl walki – między innymi sadystycznym dozorcą władającym kijem, oszalałą więźniarką uzbrojoną w działo laserowe, starcem potrafiącym manipulować czasem czy szlachetnym rycerzem odpowiedzialnym za pierwotne uwięzienie bohatera. W trakcie rozgrywki wychodzi na jaw, że Głos jest architektem więzienia, zbudowanego, by chronić planetę przed Nieznajomym, jednak nie mógł znieść dłużej roli strażnika i uwolnił go, licząc na wspólną ucieczkę i możliwość ponownego zobaczenia swojej córki. Po dotarciu na powierzchnię planety okazuje się, że sama obecność Nieznajomego działa destrukcyjnie na otoczenie.

W finałowej części fabuły bohater trafia do kosmosu, gdzie spotyka sterowany przez sztuczną inteligencję statek-matkę zwany Gwiazdą (The Star), który stworzył go wraz z licznymi klonami i zwraca się do niego per „Rider”. Gra oferuje dwa główne zakończenia, zależne od decyzji gracza podczas finałowej konfrontacji – w jednym Rider godzi się na inwazję Gwiazdy na planetę, w drugim buntuje się i niszczy statek, ratując planetę – a także zakończenie sekretne, uzyskiwane przez pozostanie w sanktuarium jednej ze Strażniczek.