Pierwszym marszałkiem województwa lubelskiego został Arkadiusz Bratkowski, który sprawował tę funkcję od 14 listopada 1998 r. do 29 października 2001 roku. Poc2zątkowy okres działalności urzędu wiązał się z przejmowaniem zadań i dokumentacji od wcześniejszych struktur administracji. Najwyższa Izba Kontroli wskazywała, że jeszcze pod koniec 1999 r. w województwie lubelskim nie zakończono procesu przejmowania części dokumentacji dotyczącej nowych kompetencji samorządu województwa.
Przez kolejne lata główna siedziba urzędu mieściła się przy ul. Spokojnej 4 w Lublinie, natomiast część departamentów funkcjonowała także w budynkach przy ulicach Lubomelskiej, Jasnej i Stefczyka. Rozproszenie komórek organizacyjnych oraz koszty wynajmu pomieszczeń były jednymi z powodów podjęcia decyzji o budowie wspólnej siedziby urzędu.
Przygotowania do budowy nowego gmachu przy ul. Grottgera rozpoczęły się pod koniec pierwszej dekady XXI wieku. W 2009 r. przeprowadzono konkurs architektoniczny na projekt siedziby urzędu oraz sąsiedniego Lubelskiego Centrum Konferencyjnego. W 2010 r. inwestycja uzyskała pozwolenie na budowę, a w 2011 r. jako wykonawcę obu obiektów wybrano przedsiębiorstwo Polimex-Mostostal.