W domu mówiono po angielsku i stale grało radio BBC World Service, natomiast po arabsku Al-Khalili mówił w szkole i wśród rówieśników. Całą naukę przed poziomem A-level – brytyjskich egzaminów kończących szkołę średnią – łącznie z matematyką odbył w języku arabskim. Dzieciństwo w ówczesnym świeckim Iraku wspomina jako szczęśliwe, mimo dyktatury. Do partii Baas wstąpił nie z pobudek politycznych, lecz dlatego, że szkolny samorząd uczniowski był z nią powiązany i członkostwo w samorządzie oznaczało członkostwo w partii.
W 1979, w związku z objęciem władzy przez Saddama Husajna, rodzina wyjechała do Wielkiej Brytanii. Wyjazd przygotowano potajemnie i upozorowano na kolejne wakacje u dziadków – kupiono bilety powrotne, a ojciec nie uprzedził nawet własnej matki, że nie wracają. Bezpośrednim powodem był pobór – Al-Khaliliego i jego brata czekała służba wojskowa, a rok później wojna z Iranem. Po latach mówił, że gdyby wyjazd opóźnił się o kilka miesięcy, prawdopodobnie by nie żył. Po śmierci wielu szkolnych kolegów mówił o „poczuciu winy ocalałego”.