Konspiracja i powstanie warszawskie Po powrocie do Warszawy jesienią 1939 uczestniczył w organizowaniu konspiracyjnej działalności 16 WDH i został wybrany jej drużynowym. Przez kolejne lata kierował tajnymi zbiórkami, ćwiczeniami i innymi formami pracy harcerskiej drużyny. Początkowo Szesnastka działała niezależnie od większych konspiracyjnych organizacji harcerskich, natomiast pod koniec 1943 rozpoczęto rozmowy o jej wejściu do Szarych Szeregów. Na początku 1944 drużyna dostosowała swoją strukturę do organizacji Szarych Szeregów i jako rój „Sulima” została związana z Blokiem „Prochownia” na Ochocie. Woynicz-Sianożęcki został wodzem roju, a formalny rozkaz o przyjęciu jednostki do Szarych Szeregów nosił datę 18 lipca 1944. Przed wybuchem powstania przekazał kierowanie Szesnastką Józefowi Przewłockiemu ps. „Placek”. Jesienią 1942 wstąpił do NOW, w której został żołnierzem batalionu „Antoni” i ukończył konspiracyjną szkołę podchorążych. Otrzymał stopień kaprala podchorążego, posługiwał się pseudonimem „Michał” i numerem ewidencyjnym NOW 1068. 1 sierpnia 1944 walczył w 2. kompanii „Anna” batalionu NOW-AK „Antoni”, w II plutonie. Od 7 sierpnia służył w batalionie „Gustaw”, podporządkowanym zgrupowaniu „Róg” Grupy AK „Północ”. Walczył na Woli i Starym Mieście.