Do 2006 pozostałości kościoła leżały w ruinie.
W 2006 z inicjatywy archiprezbitera Siġġiewi Dun Alberta Buhagiara oraz Fundacji Dziedzictwa Siġġiewi, a także Ministerstwa Zasobów i Kultury opracowano plan konserwacji pozostałości kościoła. Podczas jego realizacji trwającej 10 miesięcy ingerencja rekonstrukcyjna była minimalna. We wrześniu 2006 usunięto cierniste krzewy, kilka drzew i trawy. W drugiej fazie przeprowadzono wykopaliska archeologiczne, zbierając wiele kamiennych detali architektonicznych, m.in. donice, fragmenty kolumn, bukiety kwiatowe, gzymsy, tarcze herbowe i inne detale rzeźbiarskie. Znaleziono też herb biskupa Cagliaresa. Posadzkę kościoła stanowiły płyty nagrobne, ułożone jedna obok drugiej. Na dwu z nich odkryto inskrypcje z datę roczną 1660. Na ścianie, która była częścią kaplicy Nawiedzenia odkryto fragmenty fresku; został on poddany konserwacji przez Heritage Malta.
Pozostałe prace konserwatorskie obejmowały wzmocnienie zakrystii i ścian kościoła, zwłaszcza w miejscach grożących zawaleniem, wypełnienie otworów po przewodach, wzmocnienie pozostałości sklepienia oraz ułożenie płyt.