W 1220 roku do miasta wkroczyły wojska mongolskie pod wodzą Czyngis-chana i doszczętnie zniszczyły budynek.
Mauzoleum zostało odbudowane w 1481 roku z inicjatywy władcy Timurydów – . Żadne z oryginalnych XV-wiecznych zdobień nie zachowało się do dziś. W kolejnych stuleciach obiekt był wielokrotnie rozbudowywany i odnawiany przez lokalnych władców. Pod koniec XVI wieku z dynastii Szejbanidów wzniósł kopułę nad główną komnatą mauzoleum. Obecny wygląd meczet zyskał dzięki pracom renowacyjnym przeprowadzonym za panowania emira Afganistanu Szer Ali Chana (1863–1879). Emir oraz najbliżsi członkowie jego rodziny zostali pochowani na terenie kompleksu.
thumb|left|Białe gołębie przy Błękitnym Meczecie (2007) Co roku w mauzoleum odbywają się obchody święta Nouruz, które przyciągają dużą liczbę wiernych (w 2010 roku było to około 350 000 osób). Kompleks tradycyjnie stanowi główne miejsce obchodzenia uroczystości w kraju, podczas których przemówienia wygłaszają czołowi afgańscy politycy. Po Nouruzie rozpoczyna się trwający 40 dni Festiwal Czerwonych Róż.
Podczas trzęsienia ziemi w 2025 roku o magnitudzie 6,3 minaret budowli uległ częściowemu uszkodzeniu, a w ścianach powstały pęknięcia. Wiele ceramicznych płytek uległo zniszczeniu.