Juan Duarte został aresztowany przez mieszkańców i milicjantów Iberyjskiej Federacji Anarchistycznej (FAI) 7 listopada 1936 w Yunquerze. Podczas przeszukania jego rodzinnego domu przy Calle Adelante 31 ukrywał się w pozbawionym światła i wentylacji małym chlewiku. Sąsiad-zdrajca zauważył go, wyglądającego przez niewielki otwór, gdy chciał zaczerpnąć świeżego powietrza. Podczas aresztowania w domu była tylko jego matka. Zaprowadzono go do miejskiego więzienia, z którego został przewieziony wraz z dwoma innymi seminarzystami – José Merino Toledem i Miguelem Díazem Jiménezem – do El Burgo. Tam zamordowano w nocy z 7 na 8 listopada Joségo i Miguela, zaś Juana przewieziono do Álory i przekazano komitetowi, na którego czele stał Miguel Cárdenas. Ten oddał go pod straż patrolu dowodzonego przez Antonio Sáncheza Portelę „El Chato” i Antonio Ortíza Romero „El Melena”. W Álorze zabrano go najpierw do gospody, a następnie do więzienia. Chciano zmusić go do bluźnierstwa, przez kilka dni poddając torturom: rażono genitalia prądem, wkładano trzciny pod paznokcie, dla ośmieszenia wożono ulicami miasteczka na ośle, parodiując procesję Wielkiego Tygodnia. Dochodziło zarówno do aktów przemocy wobec diakona, ale również gestów współczucia. Jedna z kobiet przyniosła dla duchownego czystą koszulę, podawano też jedzenie.