Vidaurreta został najpierw wicerektorem, a następnie rektorem seminarium. Zaczął również prowadzić wykłady dla kleryków z niektórych przedmiotów filozoficznych i teologicznych.
W maju 1931, po proklamowaniu Drugiej Republiki Hiszpańskiej podpalano kościoły i klasztory w Maladze. W nocy z 12 na 13 maja spłonął . Biskup wyznaczył ks. Vidaurret proboszczem w parafii przy .
18 lipca 1936 ks. Vidaurreta przebywał w seminarium w Maladze, gdzie odprawiał rekolekcje wraz z grupą trzydziestu trzech księży pod przewodnictwem ojca jezuity. 19 lipca miało miejsce przeszukanie budynku seminaryjnego przez grupę milicjantów. Wszystkich duchownych pojmano i przewieziono najpierw do klasztoru kapucynów, a następnie do więzienia. W nocy z 30 na 31 sierpnia 1936 dowódca dokonał selekcji ofiar. Ks. Vidaurreta poprosił, by wykluczono jednego z chorych księży, a dołączono jego. Wraz z osiemnastoma innymi księżmi i zakonnikami, w tym kilkoma augustianami, został zastrzelony w pobliżu , niedaleko więzienia.
Rozstrzelanych pochowano w zbiorowej mogile na pobliskim cmentarzu. Szczątki ekshumowano w latach 1940–1941. Udało się ustalić tożsamość ks. Vidaurrety. Relikwie przeniesiono do Kaplicy Męczenników w katedrze w Maladze.