W nich w fazie finałowej jugosłowiański klub pokonał Bokštas Płungiany i Elberfelder SG 1851, a w finale zremisował z Merani Tbilisi i podzielił trofeum z gruzińskim klubem. W roku 1997 Agrouniverzal zajął trzecie miejsce w lidze krajowej, natomiast w Pucharze Europy open ponownie nie wyszedł z grupy. W sezonie 1998 klub zdobył wicemistrzostwo Jugosławii. W fazie grupowej Pucharu Europy open wygrał z Kalijszczikiem Soligorsk i zremisował z Elicurem Petach Tikwa, po czym w fazie finałowej przegrał z Polonią Warszawa oraz wygrał z Petersburgiem i Elicurem, zajmując piątą pozycję w końcowej klasyfikacji. W 1999 roku po raz czwarty w swojej historii klub zdobył tytuł mistrza Jugosławii. Wówczas też po raz ostatni Agrouniverzal uczestniczył w Pucharze Europy open. W grupie 4 zespół wygrał z Randaberg SK, zremisował z EMSE-Miskolc i zwyciężył ze Sbierbankiem-Tatarstanem Kazań. W fazie finałowej klub pokonał Elicur Petach Tikwa i ŠK Kiseljak, a w finale przegrał 2½:3½ z Bosną Sarajewo. W 2000 roku Agrouniverzal powrócił do rozgrywek Pucharu Europy kobiet. Zespół nie przegrał wówczas żadnego meczu (zwycięstwa z USV Halle, BAS Belgrad, SK Turm Emsdetten, ŠK Nova Gorica i Alisą Kazań oraz remisy z Petersburgiem Lentransgaz oraz Donbasem Donieck) i wygrał turniej.