Podczas wznoszenia się Shipa 41 jeden z trzech silników Raptor Vacuum przedwcześnie wyłączył się. Początkowo SpaceX ogłosiło, że statek kosmiczny nie wejdzie na orbitę, ale zmieniło tę decyzję po ocenie jego stanu. Około 25 minut po starcie Ship 41 wykonał krótki manewr wejścia na orbitę przy użyciu pojedynczego silnika Raptor i wszedł na orbitę okołoziemską.
Ship 41 rozpoczął rozmieszczanie 26 operacyjnych satelitów Starlink V3 około 34 minuty po starcie. Sekwencja rozmieszczania trwała około 30 minut, gdzie wszystkie 26 satelitów zostało wypuszczonych na orbitę. Trzy satelity wyposażono w dodatkowe kamery, których zadaniem było wykonanie zdjęć osłony termicznej Shipa 41 podczas jego pobytu na orbicie.
W związku z problemem z silnikiem startowym firma SpaceX skróciła lot zamiast kontynuować pierwotny profil misji wieloorbitalnej. Ship 41 wykonał wczesny manewr deorbitacji około dwie godziny i 12 minut po starcie, po czym ponownie wszedł w atmosferę Ziemi nad Oceanem Spokojnym.