Kwiat przechodzi dwie fazy kwitnienia: żeńską, w której znamię jest zdolne do przyjęcia pyłku, i obupłciową, w której znamię pozostaje aktywne, a pylniki dojrzewają i pękają. Pękanie pylników zachodzi niesynchronicznie, co sprzyja zapylaniu krzyżowemu. Kwiaty są odwiedzane przez szeroką gamę owadów. Głównymi zapylaczami w Indiach są pszczoła olbrzymia (Apis dorsata), pszczoła wschodnia (Apis cerana indica), , szerszeń wschodni (Vespa orientalis) oraz bzygowate z rodzaju . Roślina podlega zarówno samozapyleniu, jak i zapyleniu krzyżowemu. Samozapylenie również wymaga udziału czynników zewnętrznych, ponieważ pylniki i znamię są od siebie oddalone. Owoce dojrzewają pod koniec pory deszczowej. Rozsiewanie nasion odbywa się przy udziale ssaków. Nasiona słabo kiełkują, co ma wpływ na ograniczone odnawianie się populacji tego gatunku.
Cechy fitochemiczne Migdałecznik chebułowiec jest bogatym źródłem metabolitów wtórnych. Dotychczas w roślinie zidentyfikowano 171 związków, w tym taniny, kwasy fenolowe, flawonoidy, triterpenoidy i . Dominującą grupę stanowią taniny, które w owocach stanowią około 32–45% składu i występują głównie jako taniny hydrolizujące. Wśród nich najliczniejsze są elagotaniny chebulowe, stanowiące około 49,1% całkowitej zawartości związków fenolowych.