W 1630 roku, spodziewając się z powodu przewinień usunięcia z urzędu, ks. Hojer sam złożył dymisjęEdmund Kizik, Dyscyplinowanie duchownych luterańskich w Gdańsku w XVI–XVIII w., „Czasy Nowożytne” 2018, nr 31, s. 175–192..
W tym czasie w zajętym przez Szwedów Braniewie, po wypędzeniu jezuitów i przejęciu całego kampusu szkolnego, próbowano pośpiesznie uruchomić szkołę protestancką. W tym celu ściągnięto do Braniewa prof. Hojera, powierzając mu misję organizacji i zarządzania szkołą, mianując go inspektorem (primarus inspector studiorum)Joseph Bender Geschichte der philosophischen und theologischen Studien in Ermland : Festschrift des Koenigl. Lyceum Hosianum zu Braunsberg zu seiner fuenfzigjaehrigen Jubelfeier, sowie zur Erinnerung an das dreihundertjaehrige Bestehen der Hosianischen Anstalten ueberhaupt, Braunsberg : Gedruckt bei C. A. Heyne, 1868, s. 61–62.. Hojer przejął budynki kolegium jezuitów, od razu żądając od władz miasta ich odremontowania, tak aby mógł również zamieszkać w kampusieIrena Makarczyk, Wznowienie działalności Seminarium Diecezjalnego w Braniewie po pierwszej wojnie szwedzkiej, [w:] Cor Dioecesis. 450 lat warmińskiego Seminarium Duchownego Hosianum, Olsztyn 2015, s. 147–148.. Został ponadto kaznodzieją w Braniewie, gdyż okupujące miasto żołnierze szwedzcy byli protestantami.