W okresie II Rzeczypospolitej kościół był świątynią parafii należącej do superintendentury działdowskiej Ewangelickiego Kościoła Unijnego w Polsce. Według danych przytoczonych przez Stefana Grelewskiego w publikacji z 1937 roku parafia liczyła 1218 wiernychStefan Grelewski, Wyznania protestanckie i sekty religijne w Polsce współczesnej, Lublin 1937, s. 333.. Do parafii należały dwa cmentarze ewangelickie w Burkacie.
W 1933 roku Hieronim Skurpski wykonał we wnętrzu polichromię, którą później zamalowano.
Po II wojnie światowej świątynię przejął Kościół Ewangelicko-Augsburski. Na początku lat 80. XX wieku budynek użytkowała Gminna Spółdzielnia „Samopomoc Chłopska”. W 1992 roku kościół wydzierżawiła parafia św. Wojciecha w Działdowie; umowę dzierżawy na 15 lat podpisano 14 maja tego roku. Jako świątynia filialna nosił wezwanie Narodzenia Najświętszej Maryi Panny i Trójcy Świętej.
W 2005 roku parafia św. Wojciecha odkupiła budynek od Kościoła Ewangelicko-Augsburskiego. Z dniem 1 sierpnia 2013 roku biskup toruński Andrzej Suski erygował w Burkacie parafię pod wezwaniem ówczesnego błogosławionego Jana Pawła II, wydzieloną z parafii św. Wojciecha w Działdowie.