W 1983 uruchomiono program studiów nad teologią latynoamerykańską i duszpasterstwem społeczności latynoskiej, jeden z pierwszych tego rodzaju programów w Stanach Zjednoczonych. W 1990 we współpracy z archidiecezją Chicago ustanowiono Augustus Tolton Pastoral Ministry Scholarship Program, przeznaczony do kształcenia afroamerykańskich świeckich osób przygotowujących się do pracy duszpasterskiej. W 1994 powstał Óscar Romero Scholars Program, który oferuje osobom świeckim pochodzenia latynoskiego przygotowanie teologiczne i formację do profesjonalnej pracy duszpasterskiej. W 1996 utworzono Bernardin Center, którego działalność obejmuje m.in. promowanie dialogu międzyreligijny, pojednania, budowanie pokoju oraz inicjatywy związane z dziedzictwem kardynała Josepha Bernardina. Pod koniec lat 90. XX w. uczelnia rozwinęła program Catholic-Muslim Studies, poświęcony studiom nad islamem oraz dialogowi chrześcijańsko-muzułmańskiemu. W 2013 Catholic Theological Union podjęła współpracę z DePaul University dotyczące m.in. współdzielenia kadry, studentów i programów.