W lutym 1941 roku Luftwaffe przeprowadziło nalot na Cambridge, bombardując Laboratorium Cavendisha. W powojennym wywiadzie Kowarski stwierdził, że prace jego i von Halbana nad stosem atomowym moderowanym ciężką wodą stały się celem odwetu za wcześniejszy brytyjski nalot na Heidelberg, gdzie Walther Bothe i prowadzili podobne eksperymenty ze stosami atomowymi w miejscu, w którym obecnie mieści się Instytut Badań Medycznych im. Maxa Plancka.
W lutym 1943 roku wyszkolona przez Zarząd Operacji Specjalnych grupa norweskich komandosów zdetonowała ładunki wybuchowe w komorach elektrolizy służących do produkcji ciężkiej wody w elektrowni Vemork podczas operacji Gunnerside. Wraz z innymi tajnymi akcjami i nalotami bombowymi alianci skutecznie sparaliżowali produkcję ciężkiej wody przeznaczonej do wykorzystania jako moderator w niemieckim programie jądrowym.
W 1943 roku operacja amerykańskiego Biura Służb Strategicznych o kryptonimie Project AZUSA miała na celu przeprowadzenie rozmów z włoskimi fizykami w sprawie tego, co wiedzieli o niemieckich fizykach jądrowych Wernerze Heisenbergu i Carlu Friedrichu von Weizsäckerze.