Gancewski działał w Polskim Towarzystwie Historycznym. Pełnił funkcję przewodniczącego Koła PTH w Mrągowie oraz wiceprezesa Oddziału PTH w Olsztynie.
Był również kanclerzem Towarzystwa Naukowego „Pruthenia” oraz członkiem Towarzystwa Naukowego im. Wojciecha Kętrzyńskiego w Olsztynie.
Związany był z czasopismem Mrągowskie Studia Humanistyczne, poświęconym m.in. historii i literaturze regionu mrągowskiego.
Był także związany z Muzeum Bitwy pod Grunwaldem w Stębarku. W 2011 został powołany w skład Rady Muzeum.
Ponownie znalazł się w składzie Rady Muzeum powołanej w 2015.
W 2020, z okazji 50-lecia Muzeum Ziemi Piskiej, otrzymał honorowy tytuł „Przyjaciela Muzeum Ziemi Piskiej”.
Wybrane publikacje
Rola zamków krzyżackich w ziemi chełmińskiej od połowy XIV wieku do 1454 roku. Studia nad gospodarką, Olsztyn 2001. Jan Gancewski, Witold Gieszczyński, Andrzej Korytko, Wierni historii. 60 lat Oddziału Polskiego Towarzystwa Historycznego w Olsztynie, Olsztyn 2008. Powrót do źródeł. Pamiętnik XVIII Powszechnego Zjazdu Historyków Polskich w Olsztynie 16–19 września 2009 roku, red. Jan Gancewski, Norbert Kasparek, Andrzej Korytko, Olsztyn 2010. Folwarki państwa zakonu krzyżackiego w Prusach w latach 1466–1525.