Przebiega między innymi przez obszar Doliny Dolnej Wisły oraz w pobliżu Wielkopolskiego Parku Narodowego.
Przebieg przez województwo kujawsko-pomorskie W województwie kujawsko-pomorskim pierwotnie zakładano przebieg EV9 przez Bydgoszcz i Inowrocław. W 2019 roku samorząd województwa zlecił opracowanie koncepcji przebiegu tras EuroVelo 2 i EuroVelo 9 w ramach projektu ECO-CICLE, realizowanego przy wsparciu programu Interreg. W ramach prac przeanalizowano ponad 700 km istniejących dróg i tras rowerowych, identyfikując około 360 km dróg umożliwiających poprowadzenie obu szlaków na terenie województwa.
W Regionalnym planie transportowym województwa kujawsko-pomorskiego na lata 2021–2027 wskazano rekomendowany przebieg EuroVelo 9 od granicy z województwem wielkopolskim przez Oćwiekę, Gąsawę, Żnin, Łabiszyn, Rynarzewo, Łochowo i Bydgoszcz, do połączenia z Wiślaną Trasą Rowerową w rejonie Fordonu. Nowy przebieg omija Inowrocław. Plan zakłada wykorzystanie istniejącej Wiślanej Trasy Rowerowej w dalszym przebiegu EV9 na północ, w kierunku Grudziądza i Gdańska.