W nocy z 7 na 8 maja 1999 roku, około północy czasu lokalnego, amerykański bombowiec B-2 trafił pięcioma bombami kierowanymi JDAM w gmach ambasady. Zginęło troje chińskich dziennikarzy: Shao Yunhuan z agencji Xinhua oraz Xu Xinghu i Zhu Ying, małżeństwo pracujące dla dziennika „Guangming Ribao”, których ciała znaleziono pod zawaloną ścianą. Rannych zostało co najmniej dwadzieścia osób, a budynek uległ poważnym zniszczeniom.
Nowa siedziba W 2004 roku podpisano porozumienie między stroną chińską i serbską w sprawie siedziby ambasady. Strona chińska przekazała Serbii zniszczony gmach wraz z prawami do terenu, a w zamian otrzymała bezpłatną działkę pod budowę nowej siedziby. 7 maja 2008 roku, w dziewiątą rocznicę bombardowania, odbyła się uroczystość wmurowania kamienia węgielnego pod nowy gmach, trzykrotnie większy od dawnego. 15 lipca 2010 roku odbyła się uroczystość zakończenia budowy nowego gmachu, w której uczestniczył przewodniczący Stałego Komitetu Ogólnochińskiego Zgromadzenia Przedstawicieli Ludowych Wu Bangguo.